Principis bàsics de selecció de pèptids antigen
Tant com sigui possible a la superfície de la proteïna
Assegureu-vos que aquesta seqüència no formi -hèlix
N,C Els pèptids dels extrems són millors que els pèptids del mig
Eviteu repeticions o seqüències properes a repeticions dins de la proteïna
Eviteu pèptids amb una forta homologia
L'enllaç-creuat es pot fer a N, C En ambdós extrems, la selecció es basa en el fet que l'enllaç-creuat es troba a l'extrem que és menys important per a la producció d'anticossos.
No n'hi ha massa a la seqüència Pro, però n'hi ha un o dos Pro. Té l'avantatge que pot fer que l'estructura de la cadena peptídica sigui relativament estable, cosa que és beneficiosa per a la producció d'anticossos específics.
Per aconseguir els millors resultats en la producció d'anticossos, cal dissenyar acuradament el pèptid de l'antigen.
El disseny ha de complir una condició bàsica: durant el procés d'immunització, l'antigen no produirà una resposta immune excessiva, però al mateix temps pot produir anticossos amb la capacitat d'unir-se a la proteïna d'interès.
Tot i que el disseny d'antigen és un tema molt complex amb molts detalls als quals cal prestar atenció, basant-nos en la nostra experiència acumulada, hi ha diversos principis bàsics de disseny clau que es poden proporcionar com a referència:
1, Determineu la finalitat de l'anticossos
A l'hora d'iniciar un nou projecte de recerca, cal aclarir algunes propietats bàsiques de la proteïna d'interès, sobretot si conèixer l'estructura de la proteïna serà de gran ajuda per seleccionar regions de reconeixement a les quals l'anticòs pugui accedir i reconèixer fàcilment. Tanmateix, en absència d'aquesta informació estructural precisa (que és sobretot el cas), la comprensió del propòsit de l'estudi afecta l'estratègia per al disseny de pèptids. Per exemple: si la recerca se centra en diferents regions de la proteïna, per exemple, C terminal o N extrem, o la proteïna en un estat específic, com la fosforilació, etc., aleshores el polipèptid dissenyat segons la seqüència requerida i l'anticòs corresponent generat no hauria de tenir moltes dificultats d'aplicació. Tanmateix, la conformació de la proteïna afectarà la interacció entre l'anticossos i la seva regió de reconeixement. Un possible problema en aquesta situació és que si a la proteïna plegada la regió de reconeixement s'amaga dins de la proteïna, l'anticossos no podrà accedir a aquesta regió. (No es pot interactuar).
2, Principis de selecció de l'àrea d'identificació
En termes generals, la regió de reconeixement antigènica més ideal hauria de ser hidròfila, situada a la superfície de la proteïna i estructuralment deformable. Com que en la majoria dels entorns naturals, les regions hidròfiles tendeixen a concentrar-se a la superfície de la proteïna, mentre que les regions hidròfobes sovint s'emboliquen dins de la proteïna. Per la mateixa raó, els anticossos només poden interactuar amb les regions de reconeixement que es troben a la superfície de la proteïna. Quan aquestes regions de reconeixement tinguin una deformabilitat estructural suficient per moure's a posicions on l'anticòs pugui contactar, tindran una gran afinitat amb l'anticòs.
3, Àrees de reconeixement continu i discontinu
Una regió contínua es refereix a una regió de reconeixement composta per seqüències d'aminoàcids contínues. La majoria dels anticossos es dirigeixen contra regions de reconeixement continu. La capacitat dels anticossos d'unir-se a aquestes regions amb alta afinitat indica que aquesta seqüència no es troba dins de la proteïna. La regió de reconeixement discontínua representa una seqüència polipeptídica amb un determinat plec, o la regió de reconeixement d'un anticòs que connecta dos polipèptids separats. En alguns casos, també es poden produir anticossos contra aquestes regions de reconeixement discontínues, però el polipèptid antigen utilitzat per a la immunització ha de tenir una estructura secundària similar a la regió de reconeixement discontínua i la longitud de la seqüència ha de complir els requisits rellevants.
4, Consells bàsics
Per evitar el risc que la regió de reconeixement s'amagui dins de la proteïna, normalment recomanem escollir un anticossos N, C corresponents produïts als dos extrems. Com que en proteïnes intactes, N, C Els dos extrems solen estar exposats a la superfície de la proteïna. No obstant això, és important tenir en compte que les proteïnes de membrana C L'extrem és massa hidrofòbic i no és adequat com a antigen.
5, Longitud de la seqüència
En general, recomanem que la longitud de la seqüència del polipèptid de l'antigen estigui entre 8-20 residus d'aminoàcids. Si és massa curt, hi ha el risc que el pèptid sigui massa especial i l'afinitat (capacitat d'unió) entre l'anticòs produït i la proteïna natural no sigui prou forta. De la mateixa manera, si la longitud de la seqüència supera els 20, és possible introduir estructures secundàries i els anticossos produïts poden perdre especificitat. A més, com més llarga sigui la cadena peptídica, més difícil serà la síntesi, cosa que dificulta l'obtenció de productes d'alta puresa.
6, Elecció de l'enllaç creuat-de proteïnes portadores
Principis bàsics: Afegiu la proteïna portadora al final lluny de la regió de reconeixement d'anticossos, que no està inclosa a la seqüència. Cys En el cas de l'extrem N o C més Cys El mètode preferit per a l'enllaç-creuat.
7, programari d'anàlisi d'ús habitual
MacVecfor TM; DAN estrella TM; PC-Gene TM